A saga dos imigrantes em Apiúna, atravessou grandes obstáculos, não sendo diferente de tantas histórias das imigrações do Vale do Itajaí. Seu progresso foi cerceado por disputas pelo poder econômico. Seu crescimento estagnado durante várias décadas, voltando a progredir com o advento da grande estrada, a BR 470.

Sua história teve início na metade da década de qua-renta, século XIX, portugueses advindos do litoral, região de Tijucas, por aqui estiveram. Índios, onças, cobras e as dificuldades naturais de uma nova terra afastaram os intrépidos aventureiros, poucos aqui ficaram. Fixaram-se nas proximidades da localidade de Subida. Por volta de 1867, foi implantado, no lugar denominado de Morro Pelado, o 1º rancho pelo engenheiro alemão Emil Odebrecht, que em 1871 viria a ser conhecido como Rancharia de Passo Odebrecht. Após ter passado por diversos nome, em 1º de janeiro de 1944 devido a revisão territorial passou ao nome definitivo de Apiúna.

Nome de origem indígena que significa cabeço negro, devido a pitoresca montanha com forma de cabeça e escura existente na sede do município conhecida como Morro Dom Bosco.
Cabeço: cume arredondado de monte.
Negro: de cor preta.

Foi emancipada de Indaial no dia 04 de janeiro de 1988 através da lei nº1100 assinada pelo então Presidente da Assembléia Deputado Juarez Furtado e instalado o município no dia 1º de junho de 1989.

Fonte: www.cabeconegro.com.br

A Paróquia de Santana foi instalada em 1954.